Você pode usar o comando rm para excluir arquivos e pasta via ssh.

COMO FAZER
apagar arquivos específicos:

rm nome_do_arquivo1.txt nome_do_arquivo2.txt


apagar arquivos com a mesma extensão:

rm *.txt

apagar uma pasta inteira e seu conteúdo de forma recursiva:

rm -rf nome_da_pasta/


Para apagar todos os arquivos e pastas no diretório atual, sem excluir o diretório em si:

rm -rf *


Tome cuidado ao utilizar o comando rm, pois caso você remova algum arquivo por engano, o erro será irreversível.


SUGESTÃO DE APLICATIVO PARA ACESSO SSH 

Caso você ainda não tenha um comando para acesso ssh na sua maquina, pode utilizar o Putty, é simples e gratuito. :)


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