Você pode otimizar / reparar seu banco de dados através do phpMyAdmin:

Primeiro, faça login no seu painel, vá em Gerenciar e procure por  Bases de Dados MySQL.

Nessa sessão, procure pelo banco de dados que deseja reparar e clique na opção reparar. 

*Esse processo leva até 5 minutos para ser concluído. 

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